Sunday, March 1, 2009
Sunday, December 21, 2008
אבטיפוס פטנטים והמצאות - מודלים ביולוגיים
דברי פתיחה: חומרים אורגאניים, ריאקציות ואבי טיפוס של מודלים ביולוגיים.
לא מעורב חומר אורגאני ולא גורם אור. כלומר אלה ריאקציות אי-אורגאניות שמספקות את האנרגיה לפרוקריוטים ואין בהן מעורבות של אור. מצב אחד יש אנרגיה כימית אבל פחמן דו חמצני מהווה מקור פחמן. מקור האנרגיה זה חמצון של חומר אי-אורגאני מחוזר. במקרים רבים אם כי לא תמיד חמצן קולט את האלקטרונים.
סולפיד וחמצן: סולפיד מחוזר, חמצן מחומצן. כלומר מעבר האלקטרונים מסולפיד לחמצן יהיה ספונטני, במורד הזרם. כלומר יש בזה אפשרות לקיום אבי טיפוס.
Beggiatoa- אבטיפוס חוטי, אחרי החלוקה תאי הבת שלו נשארים צמודים והחוטים שנוצרים יכולים להגיע למאות מיקרונים או אפילו מ"מ. אבטיפוס זה מחוסר צבע, אין לו פיגמנט מכל סוג שהוא שאפשר לקשר לתהליך הפוטוסינתזה. כלומר הוא חי ללא אור. בתוך גוף האבטיפוס מוצאים גרגירי גופרית. כלומר הוא מחמצן H2S. שמוסיפים לו את זה למצע כמות גרגירי הגופרית עלתה ובהיעדר H2S כמותם ירדה. התיאוריה היא שהוא הופך H2S לגופרית ואת זה לסולפאט, ללא אור. ככל הנראה הוא מעביר את האלקטרונים במורד הזרם ומזה מקבל אנרגיה.
זאת אומרת, חיים כמו-אוטו-טרופים הם ללא אור, חומר אנאורגאני מחוזר, חמצן קולט אלקטרונים ופחמן דו חמצני הוא מקור לפחמן.
הריאקציה של אמוניום וניטריט נותנת חנקן גזי ומים. ברודה (Broda 1977) העלה שאם בכירסום כל אופציה תרמודינמית קיימת יש שתי ריאקציות שלא מוכרים אבי טיפוס שמבצעים אותן. הוא חישב לריאקציה זו את האנרגיה המשתחררת והיא 86 קילו-קלוריות. פיתחו מתקן טיהור שבו לא הייתה גישה של חמצן ואותה ריאקציה התרחשה. בודדו מזה תרבית שעושה בדיוק את התהליך הזה (Anammox) בלי חמצן (Brocadis anammoxidans). יש שטוענים שכמעט חצי מהחנקן שנפלט מהים לא נפלט מניטריפיקציה (מחזור חנקן) אלא מתהליך ה- anammox.
דוגמא לריאקציה שמתאפשרת תרמודינמית ולא מתקיימת: ריאקציה של חנקן, חמצן ומים מעניקה חומצה חנקתית ומשחררת 65 קילו-ג'אול אנרגיה. כאן השיקול הוא לא תרמודינמי אלא קינטי. בריאקציה כזאת צריך לפרק קשר מאוד חזק (משולש) בין אטומים של חנקן בחנקן גזי. זה כמעט בלתי אפשרי. לכן הריאקציה כמעט ולא מתאפשרת.
Rhizobium- אבטיפוס שנמצא בצמחים ומקבע חנקן. הוא יוצר אמוניה מחנקן שהוא מקבע. הריאקציה שאותה הוא מבצע היא ריאקציה של אלקטרונים זמינים לתא וחנקן גזי. בגלל שמאוד קשה לפרק את הקשר של החנקן הריאקציה לא נותנת אנרגיה והאבטיפוס אפילו משקיע 15 מולקולות ATP. את האנרגיה שלו הוא מקבל בתהליכים של נשימה רגילה וחלק ניכר מהאנרגיה הזו הוא מנצל לשבירת הקשר החזק בין החנקנים.
ניתן ללמוד עוד על נושאי פטנטים באתר: פטנטים
יום שני 11 פברואר 2008
מיטוכונדריה:
מודלים שמתחלקים לשניים
מכילים דנ"א וריבוזומים שדומים לריבוזום אבטיפוסי יותר מריבוזום אאוקריוטי
כלורופלסטים:
דומים לתאי חוליות
מכיל דנ"א וריבוזום
\ בשנות ה-70 הסיקו שהכלורופלסטים והמיטוכונדריה הם תאים אאוקריוטים שנכנסו לתאים פרוקריוטים וכך נוצר עולם הצומח.
כבר בשנות ה-20 של המאה העשרים היה חוקר רוסי וחוקר אמריקאי שדיברו על אבולוציה כימית- היווצרות חומרים אורגאניים מחומרים ביוטיים. חמצן לא היה פעם באטמוספרה ולכן לפי המודל הזה המודלים שהיו בסוף העידן הזה היו אנ-אירוביים שעשו תסיסה. מתוך האבי טיפוס האלה התפתחו ציטוכרומים שפיתחו אבי טיפוס אירובים, מתוכם נוצרו כלורופלסטים ומודלים שעשו פוטוסינתזה וכד'. הספקולציה הזאת לא מבוססת על מידע בטוח ולכן גם אם זה נראה מתאים אפשר לשלול את זה. כיום יש גישות מולקולריות- הגישה שהתפתחה כבר בשנות ה-60. כשהצליחו לקבוע רצף של חלבונים ואח"כ את רצף הנוקלאוטידים בדנ"א אמרו שאפשר להשוות חלבונים הומולוגים בין מודלים שונים. מתברר שככל שהזמן באבולוציה מאז שהיצור נוצר הוא ארוך יותר גודל החלבון הנבדק ארוך יותר. כלומר יש מוטציות עם הזמן וחלקן נשמרות, בהשוואת החלבונים אפשר לראות מי קדם למי ומי קרובי משפחה. היום הרבה יותר קל להסתכל על רצפים של דנ"א מאשר חלבונים. אלה שעונים מולקולריים שעוקבים אחרי האבולוציה. בודקים רצף נוקלאוטידים באותם מודלים אבל עם שינויים. אם ההנחה היא שככל שעבר יותר זמן מאז היווצרות המודלים מספר השינויים גדול יותר. אח"כ אפשר לעשות ניתוח מתמטי על זה, לצייר עצי אבולוציה ולהעריך את הדמיון בין המודלים.
המוגלובין, נוקלאז וציטוכרומים מתאימים להשוואה בין קבוצת היונקים- לא כל כך עתיקה ומבחינה פיסיולוגית עושים אותו דבר. לכן לכולם יש המוגלובין עם אותו תפקיד וכו'. לעומת זאת בעולם הפרוקריוטי יש בעיה- (א) קיים 3.8 מיליארד שנה (ב) יש מגוון ושונות כל כך גדולה אז קשה למצוא מולקולה שאכן קיימת בכולם. ציטוכרומים קיימים באבי טיפוס אירוביים ולא באנ-אירוביים. באמצע שנות ה-20 של המאה העשרים הועלתה האפשרות לחפש מולקולה שמייצרת את החלבונים שאותה בטח יש לכולם. אותו מנגנון מאוד שמור במהלך התקופה של העולם הפרוקריוטי וזה יכול להיות שעון מולקולרי, זהו הריבוזום. זה מורכב משתי תת יחידות חלבוניות, אחת גדולה אחת קטנה. בנוסף הוא מכיל רנ"א. יש כמה יחידות בתת היחידה הקטנה:
5S=120b
16S=1550b
23S=2800b
באותה תקופה לא ידעו לגלות רצף בסיסים ובטח שלא להשוות רצפים. לכן Carl R. Woese (1977) שיטות לריצוף גנום. נבחרה המולקולה של 16S להשוואה, שכן השתיים האחרות קצרות או ארוכות מדי. יש מבנה מרחבי שמור לאותה מולקולה באבולוציה. יש קצת הבדלים אבל בסופו של דבר זה נחשב מאוד שמור. השיטה הזאת הייתה די פרימיטיבית ומסורבלת. Woese לקח את המולקולה ופירק אותה איפה שיש G. הוא סימן את זה וצלם בסרט, אח"כ פענח את הסדר. כך עשה למספר רב של אבי טיפוס והשווה בניהם. כיום אפשר לקצר את התהליך בעזרת PCR ומאגר הרצפים. בסופו של דבר משחזרים עץ פילוגנטי.
בשנות ה-70 Woese עשה את זה וראה שהחלוקה בין פרוקריוטים לאאוקריוטים אכן טובה. כשלקח אאוקריוטים והשווה בניהם דרגת הדמיון הייתה גבוהה, כך גם לגבי פרוקריוטים. לעומת זאת, רצף ה-16S של הפרוקריוטים היה שונה מאוד מה-18S של האאוקריוטים.
אבטיפוסי מתאן הם אנ-אירוביים ונפוצים בסביבות כאלה. הריאקציה שלהם היא עם מימן ופחמן דו חמצני. Woese בדק קודם כל אם מדובר באבי טיפוס בכלל. מתברר שאותם אבי טיפוס עם אותו קריטריון 16S הם חריגים ולא דומים לאבי טיפוס אירוביים או אנ-אירוביים. כאשר בדק אבי טיפוס מסביבות מלוחות ראה שהם גם חריגים מבחינת ה-16S מיתר האבי טיפוס אבל דומים לאבטיפוסי המתאן. כלומר, אבטיפוסי מתאן בביצות אנ-אירוביות (מים מתוקים) ואבטיפוסי מים מלוחים בעלי 16S דומה ביניהם וחריג מהכלל. המשיכו לחפש עוד מודלים חריגים והגיעו למעיינות חמים בכל מני מקומות בעולם, כולל סביבות של מעיינות בטמפרטורה של 70-80 מעלות ו-pH מאוד נמוך. גם שם יש אבי טיפוס שחיים בסביבה הזאת ומתברר שאבי הטיפוס המוזרים האלה דומים גם לאבטיפוסי מתאן ומלח ושונים מיתר האבי טיפוס. קרקעית הים מכילה גם כן מודלים כאלה.מסתבר שיש אבי טיפוס עם טמפרטורה אופטימאלית של 106 מעלות. גם אבי טיפוס אלה דומים מבחינת 16S לאבטיפוסי המלח ושונים מאבי טיפוס אחרים, רגילים. Woese הפתיע את העולם עם העץ החדש שלו בתחילת שנות ה-80 כי הוא הכיל שלוש קבוצות- בקטריות, אאוקריוטים וארכאיות שהכילו את כל המודלים החריגים מבחינת מבנה הרנ"א הריבוזומאלי. מיטוכונדריות וכלורופלסטים גם מכילים כאמור ריבוזומים. הרנ"א הריבוזומאלי שם הוא 16S ולא 18S ואם קובעים את הרצף שלהם מסתבר שהרנ"א של הכלורופלסטים דומה מאוד לחוליות והרנ"א של המיטוכונדריה דומה לאבטיפוסי גרם שליליים. העץ הראשוני שהוא צייר היה בלי שורש- הוא לא התחייב לנקודת התחלה או בסיס כלשהו. היום יש כל מני שיטות כדי לקבוע איפה הבסיס אולי היה והסכימה הכי מקובלת היום היא הסכימה שבה הבסיס הוא בין עולם הבקטריה לארכיאה. אותו אב קדמון שהתחיל הכל לא ידוע אבל האאוקריוטים יותר דומים לארכיאה מאשר בקטריה.
לינק בנושא: עיבוד שבבי
בלוג בנושא עיבוד שבבי
בלוג בנושא בניית מודלים ובלוג נוסף בנושא זה: ייצור מודלים
כמו כן אתם מוזמנים להיכנס ולהתרשם מבלוג של חבר יקר העוסק ב: אבטיפוס
Thursday, August 7, 2008
Tuesday, August 5, 2008
Sunday, July 6, 2008
Thursday, June 12, 2008
Sunday, June 1, 2008
Saturday, May 10, 2008
Tuesday, May 6, 2008
פרחים
פרחים - פרחי החיים - חנות פרחים http://www.liveflowers.co.il
Thursday, April 3, 2008
Sunday, March 30, 2008
אופרייט ליס
- ביצוע עסקאות ליסינג תפעולי כולל ניהול ציי רכב
- ליסינג תפעולי כולל אחזקה ושירות מלאים ללקוחות פרטיים
- פיתוח מוסכים מורשים
- פתיחת סוכנות רכב מהגדולות בארץ
- פתיחת 70 מרכזי שירות ללקוחות
- פתיחת מרכז ענק לחלקי חילוף
Wednesday, March 26, 2008
Kapro.com - Best levels in the world
שירות למקררים, מכונות כביסה, תנורים ועוד ...
Tuesday, March 25, 2008
=?iso-8859-8-i?B?7uH46ecg5+Xs4+X6IODl7Oj44CDx5fDpIC0gIOTj4fjkIODs9+j45Q==?= =?iso-8859-8-i?B?8On6?=
Sunday, March 23, 2008
אתר אימלון - בתי מלון ומלונות באילת ובכל הארץ
פסיכומטרי אחד על אחד
תלמיד קשוב המקבל יחס אישי והנחייה של מורה פרטי בעל היכרות עמוקה עם המבחן, יגיע למיצוי הפוטנציאל הפסיכומטרי שלו.
Saturday, March 22, 2008
בדק בית וביקורת מבנים
בדיקת ליקויי בניה בעבודות שיפוץ ותוספת בניה. בדיקת דירות ובתים יד שניה לפני רכישה. איתור והערכת נזקים שנגרמו למבנים עקב סדקים, רטיבות, נזילות בצנרת, שריפה, רעידת אדמה ,פעולות שכנים ושוכרי דירות.
=?iso-8859-8-i?B?9+n55fjp7SD57CDp4OLlIOT35fHtIOHw5fngIPfl8e7p7Q==?=
éìãéí àåäáéí ÷ñîéí. àéï æä î÷øä ù÷ñîéí, îëùôåú, ÷åñîéí åôéåú ëéëáå îàæ åîúîéã áñéôåøéí åáàâãåú äéìãéí.
"éàâå ä÷åñí åçáøéå äîåôìàéí" äåà îåôò ÷ñîéí îøäéá ìéìãéí åìëì äîùôçä. äéìãéí îåæîðéí ìòåìí ùì ôðèñéä åîñúåøéï.
"éàâå øåàä äðñúøåú" äåà îåôò îðèìéæí (èìôúéä) ìîáåâøéí.
Wednesday, February 13, 2008
You've probably never heard of the E70 because Nokia's marketing team is busy finding every last dick in the universe to suck, so I'm going to do their job for them and tell you about this product. And no, I'm not being paid to do this. I'm just tired of the iPhone fanboys shooting huge sticky wads and high-fiving each other (literally) over their stupid cellphones.
First of all, the E70 has a full keyboard, not some shitty stripped down, tap-and-pray smudgy piece of shit. Nokia uses a technology that's even more advanced than the iPhone's tap screen, allowing you to actually feel the keys you press as you're pressing them! The technology is called "tactile response," and it allows you to do things like dial a phone number without staring at your screen like a shit-chucking ape. In fact, every other cellphone ever made has this technology, sometimes called "buttons."
-->
This keyboard will not only stomp your colon, but the colons of distant relatives of the human species such as lagomorphs, and hypothetical colons of children you haven't even had yet. Want to type a backslash? No problem. Ampersand? You bet your ass. -->On an iPhone, you have to press an additional button that opens up an alternate keypad that will allow you to type numbers and punctuation. So typing something as simple as elipses (...) requires you to tap your finger 9 times. Enjoy your phone, losers! People like me who have shit to do will stick to a keyboard that doesn't have its lips wrapped firmly to the user-interface equivalent of a throbbing dong:
When the iPhone was first announced, CEO Steve Jobs spewed enough BS to cover a football field full of babies 3 feet deep in bullshit, which sounds cool because he could have potentially murdered a football field full of babies, but he passed on this opportunity by introducing the phone instead. He claimed that the phone was three devices in one: an iPod, a phone, and an "Internet communications device." Oooh, an Internet communications device?! AWESOME!
It's not three devices in one any more than my laptop is you morons. Using Jobs' loose definition of what constitutes a separate device, technically my laptop can be considered 8 devices in one:
A clock
A calculator
An "Internet communications device"
A phone (I can make voice calls with my modem)
A pornographic media storage device
A video player
A word processor
And an "iPod" (see below)
There's no such thing as an iPod. The word "iPod" is a marketing tool for a hard drive with software that plays mp3s. Yeah, doesn't sound so sexy now, does it you chimps? And an "internet communications device" is officially the douchebaggiest way of saying "it has a browser." So actually it's just a phone that plays mp3s and has a browser. SNORE.
The Nokia E70 not only plays mp3s, video, has a full browser and Wi-Fi, IMAP and POP3 email, and Google Maps, but you can even run terminal software to telnet or SSH into remote servers. What that means in non-geek is that my phone is invincible. I can literally do anything. I can reboot my web server if I want, and sometimes I do just because I can:
All of this power from a phone that's over a year old, and it only costs $360. Even the browser kicks ass:
"
medox
